食品微生物学是对抑制、制造或污染食品的微生物的研究。这包括对导致食物变质的微生物的研究;还有可能导致疾病的病原体，特别是如果食物烹饪或储存不当。食品安全是食品微生物学研究的重点。许多疾病和病原体很容易通过食物传播，其中包括细菌和病毒。